Τα οικονομικά προβλήματα που αντιμετωπίζει ο ΝΑΟΚ, οδήγησαν το Δ.Σ. του Ομίλου στην απόφαση να μη δηλώσει την ομάδα να συμμετάσχει στο Κύπελλο Ελλάδας Ανδρών.
Οι «Φαίακες» απέχουν από τη δεύτερη τη τάξει σημαντικότερη διοργάνωση της εγχώριας υδατοσφαίρισης, ωστόσο δεν αποτελούν την εξαίρεση. Διότι τον ίδιο δρόμο ακολούθησαν συνολικά 16 σωματεία: 5 από την Α1′ Εθνική Κατηγορία και 11 από την Α2′.
Επομένως, το φετινό Κύπελλο Ελλάδας του ανδρικού πόλο θα γίνει με μόλις οκτώ ομάδες! Τόσες είναι αυτές που δήλωσαν συμμετοχή, σημάδι των τεραστίων προβλημάτων, οικονομικής φύσεως κι εγκαταστάσεων, που ταλανίζουν το άθλημα.
Η Ομοσπονδία (ΚΟΕ) περιμένοντας τόσους μήνες να δει πόσοι σύλλογοι θα είχαν τη δυνατότητα να λάβουν μέρος στη διοργάνωση, τελικά ανακοίνωσε τη διεξαγωγή του Κυπέλλου της περιόδου 2012-2013 με οκτώ ομάδες, επτά από την Α1′ και μίας από την Α2′.
Αυτές είναι ο κάτοχος του τροπαίου ΝΟ Βουλιαγμένης, ο Ολυμπιακός, ο ΝΟ Χίος, ο Παναθηναϊκός, ο Πανιώνιος, ο ΝΟ Αργοστολίου, η Ηλιούπολη και ο Νηρέας Λαμίας.
Από τα σωματεία της Α1′ Κατηγορίας, πέραν του ΝΑΟ Κέρκυρας, αδυναμία συμμετοχής δήλωσαν και ο ΠΑΟΚ, ο ΝΟ Χανίων, το Παλαιό Φάληρο και ο ΝΟ Πατρών.
Οι 8 ομάδες που δήλωσαν συμμετοχή, θα μπουν στην κληρωτίδα των αγώνων της Προκριματικής Φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας υδατοσφαίρισης Ανδρών, την Πέμπτη 28 Μαρτίου το μεσημέρι (στις 13:00), στη διαδικασία που θα λάβει χώρα στα γραφεία της ΚΟΕ.
Από την κλήρωση της 28ης Μαρτίου, θα προκύψουν τέσσερα ζευγάρια, με τους νικητές των νοκ-άουτ αγώνων στις 10 Απριλίου, να προκρίνονται στο Final Four της διοργάνωσης, το οποίο θα διεξαχθεί το διήμερο 1 και 2 Ιουνίου. Στην περίπτωση, όμως, που θα υπάρχει ελληνική ομάδα στο Final Four του Champions League (31/5-1η/6, στο Βελιγράδι), τότε η διοργάνωση θα μετατεθεί για το διήμερο 7 και 8 Ιουνίου.