Πέντε φορές έχουν αναμετρηθεί στο παρελθόν ο ΑΟ Κέρκυρα και η ΑΕΚ. Σε αυτές τις συναντήσεις, η Ένωση είχε τέσσερις νίκες, ενώ ένα ματς είχε λήξει ισόπαλο. Στα συνολικά γκολ υπερτερούν οι «κιτρινόμαυροι» με 3-10.
Πιο αναλυτικά:
Περίοδος 2004-2005 (Α’ Εθνική):
2η αγωνιστική
Κυριακή 26/9/2004
Γήπεδο Ριζούπολης
ΑΕΚ – ΑΟ ΚΕΡΚΥΡΑ 2-0
(43′ Ρούσεφ φάουλ 1-0, 87′ Καμπάνταης πλασέ 2-0)17η αγωνιστική
Κυριακή 30/1/2005
Εθνικό Στάδιο Κέρκυρας
ΑΟ ΚΕΡΚΥΡΑ – ΑΕΚ 2-2
(2′ Σύρος προβολή – αυτογκόλ 0-1, 28′ Φοφόνκα σουτ 1-1, 58′ Ίβιτς σουτ 1-2, 63′ Νινιάδης σουτ 2-2)
Περίοδος 2006-2007 (Σούπερ Λίγκ):
11η αγωνιστική
Σάββατο 18/11/2006
Ολυμπιακό Στάδιο (ΟΑΚΑ)
ΑΕΚ – ΑΟ ΚΕΡΚΥΡΑ 4-1
(2′ Γκουστάβο φάουλ 0-1, 23′ Σέζαρ φάουλ 1-1, 29′ Λυμπερόπουλος πέναλτι 2-1, 41′ Μαντούκα πέναλτι 3-1, 48′ Λυμπερόπουλος σουτ 4-1)26η αγωνιστική
Κυριακή 18/3/2007
Εθνικό Στάδιο Κέρκυρας
ΑΟ ΚΕΡΚΥΡΑ – ΑΕΚ 0-1
(1′ Καπετάνος σουτ)
Περίοδος 2008-2009 (Κύπελλο Ελλάδας – 5η Φάση)
Πέμπτη 22/1/2009
Ολυμπιακό Στάδιο (Ο.Α.Κ.Α.):
ΑΕΚ – ΑΟ ΚΕΡΚΥΡΑ 1-0
(89′ Σκόκο σουτ)
Χρήστος Γραμμένος